Если патч изготовлен с применением относительного пути к текущему проекту, зайдите с помощью команды cd (в терминале) в директорию проекта (Друпала) и введите команду:
patch -p1 < path/file.patch
В том случае, когда в патче не учтен относительный путь, следует зайти в директорию с файлом, который требуется пропатчить, и указать укороченный вариант команды:
patch < file.patch
http://redbeanphp.com - это фреймворк на PHP, упрощающий работу с базами данных MySQL, SQLite, PostgreSQL и т.д. Может быть запущен без единой строчки конфигурации. Умеет на лету создавать базы данных, таблицы и поля. Состоит из одного файла, который и нужно подключить через require.
Для его работы необходима библиотека PDO.
Показательный пример (операции CRUD):
$post = R::dispense('post');
$post->text = 'Hello World';
$id = R::store($post); //Создание или правка
$post = R::load('post',$id); //Получение
R::trash($post); //Удаление
P.S. Пока не ясно, как работать с префиксами.