Допустим, нам нужно исключить материалы из указанных категорий в модуле Последних новостей. Вот строка включающая:

$model->setState('filter.category_id', $params->get('catid', array()));

Теперь, чтобы сделать фильтр наоборот - исключающий, ниже добавляем:

$model->setState('filter.category_id.include', false);