В Joomla 1.6 и первых билдах 1.7 наличествует скрытая валидация кода, которая не разрешает передавать в качестве параметра функции setHeadData пустые массивы. На JoomlaCode сия особенность заявлена как баговая. Однако, к сожалению, разработчики, по всей видимости, не стремятся понять, почему обязательное включение ими фреймворка JS в ядро многим доставляет лишнюю головную боль, особенно, что касается использования многочисленных библиотек визуальных эффектов во фронтэнде.
Тем не менее, setHeadData может сработать, если в качестве массива передавать JS-файлы. К примеру, возможность удаления mootools из секции <head> в последних версиях Жумлы может быть реализована так:
/* замена mootools */
$headerstuff = $this->getHeadData();
$headerstuff['scripts'] = array('/media/ai/js/jquery-151.js'=>'text/javascript' );
$this->setHeadData($headerstuff);
Как видно, мы не может удалить mootools, однако мы можем заменить его другим фреймворком (jQuery или др.).
Если же у вас нет необходимости вообще в каком-либо фреймворке, можно просто подключать чистый .js-файл и передавать его как параметр.
Upd: еще как вариант, из шаблона можно удалить все скрипты по-умолчанию следующим образом:
$this->_scripts = array();